继第一部危机解除后，主人公莫麟找回新的能源恢复往日星球生机。但好景不长，莫麟以天选者的身份再次感应到了祖先天工的指示。莫麟等人从四圣兽口中得知，海文星球将再次面临历史性的考验，一座上古时期的混沌古城，由于凶兽叛乱，使其脱离了原有的运行轨迹，正在向海文星球快速驶近。

屹立于瑞拉王国中央的魔法学院，是所有孩子们的梦想之地，故事便发生在这所神奇的学院中。森川大法师的女儿美星进入魔法学院学习后，结识了小樱、美烁、明杰、郝男等，大家成为了好朋友一起学习生活。突然有一天，学院里的心石和美星父亲森川大法师一起消失了，为了寻回心石，还父亲清白，美星与伙伴们踏上了寻找之路。

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